瑯杰王司馬睿(即晉元帝)和王導本是友好的。 王導知道天下開始動亂，全心全意地輔佐司馬睿，暗地里確立了復興朝綱的意志。 司馬睿也非常信任珍惜他，友誼就像好朋友一樣。 司馬睿在洛陽時，王導總是勸他早點回朝貢國。

　　永興二年(305年)，司馬睿出鎮下邳，不久將安東將軍轉移，請王導擔任安東將軍司馬、軍事計劃，遵循其安排。

　　永嘉元年(307年)，司馬睿遵照王導的建議，離開城市開始工作(后改建康，今江蘇南京)。 王導帶他去了南渡。 西晉滅吳后，南方士族被開除，工作困難，當然不滿意。 王導打算在元孫吳國內建立以北方士族為中心的東晉，與南方士族取得聯系成為極其重要的事務。 王導勸司馬睿：“顧榮、賀循，是這里最有名的人，應該和他們交往，他們倆來了，沒有不來的人”。 司馬睿被王導派親自拜訪賀循環、區榮，兩人應召抵達。 于是吳地人看風，人們回心轉意。 從此他們相互依賴，確立了君臣的名分。 司馬睿第一次來建設時，吳地人告訴建康，已經有一個多月了，士族人還沒有來參拜，王導為此著急。 司馬睿出去看禊祭時，王導把司馬睿抬上轎子，安排了威嚴的儀容。 王導和王敦他們的名士們都是騎從者，紀瞻、顧榮等見到了驚訝，紛紛在道路左邊進行了禮拜。 此事載于《晉書王導傳》，司馬光懷疑《資治通鑒考異》今人田馀慶在《東晉門閥政治》詳細考試合格，認為并非史實。

　　永嘉五年(311年)，漢國大將劉曜，王彌打敗洛陽，抓住晉懷帝，殺死王公以下士民三萬馀人，北方陷入空前的戰亂。 中原人士到江南避難有十分之六七，王導鼓勵司馬睿有機會接納賢人君子，擴大力量謀大事。

　　當時荊州、揚二州比較穩定，人口眾多，物產豐富，王導管理方針安靜，司馬睿克己經常鼓勵精圖治，輔佐君主安寧邦國。 因此，加重司馬睿的器皿，兩人之間的感情越來越深，在朝野心中，稱王導為“仲父”。 司馬睿對王導說：“你是我的肖邦啊。” 王導說：“從前秦朝沒有路，世人棄亂世，但很狡猾的人又欺負人，人們感到漢王劉邦的恩德，一齊反對秦國，所以工作容易完成。 從曹魏立朝到晉太康時代，公卿士大夫與閘閥世人，奢侈浪費互相比較，先賢政教逐漸衰敗，無先治世法者，沉溺于大小官吏，享樂，惡者可以有機騎，導致朝政大道的破壞。 但是，混亂和穩定是天地間的法則。 國王確立了與世并駕齊驅的功勞，力圖統一山河、管仲、樂毅等人才。 那時出現的，是我們這種普通臣子無法模仿的。 希望國王深思熟慮，選擇廣大有能力的人。 顧榮、賀循、紀瞻、周玘，都是南方名人，希望王能敬服他們，天下安泰”司馬睿采納王導的建議，逐漸贏得南北士族的共同支持。 南渡學者桓伊到江東時，看到司馬睿勢力薄弱，非常擔心，對名士周間說：“中原多，江南想找安身立命之地，法院這么薄弱，該怎么辦？” 王導和他縱談形勢后，他的態度變化為“看了江左《管仲》，不再擔心了”。

　　永嘉(307年—313年)末，王導遷任丹陽縣，加輔國將軍。 王導上奏勸司馬睿不要輕易賜下臣鼓蓋等禮崇之物，以區別尊卑雅俗。 司馬睿命令表揚王導，為寧遠將軍崇拜他，不久加上威武將軍。

　　建興元年(313年)，晉惠帝司馬鄴即位，征王導成為林民部郎，但他沒有就任。

　　建武元年(317年)，司馬睿登上王位后，任命王導為首相軍供奉酒。 立即監督右將軍、揚州知事、江南諸軍事，調動騫騎將軍，乘常侍，率都督中外諸軍、中書鑒，記錄衡事，保留假節、刺史。 王導看到王敦統率六州，堅決辭去了都督中外諸軍的職務。 后來因為他的事有關系，符號部分被刪除了。

　　司馬睿愛瑯杰王司馬裟，代替長子司馬紹帶著他的想法去征求王導的意見。 王導說：“立太子是立長子，司馬紹也很聰明，所以不能隨便改變。”司馬睿猶豫不決。 王導常常抗議，確立了司馬紹的名分。